O seu personagem e um grupo de amigos saem de férias e se deparam com essa ilha exótica. De turistas desavisados logo passam a reféns de um grupo de mercenários malucos. Você consegue escapar da morte, mas um de seus amigos ainda está preso, e precisará da sua ajuda para poder fugir.

Diferente dos jogos antecessores, em Far Cry 3 o jogador não é um guerrilheiro experiente. Mas, com o passar do tempo, em meio à necessidade máxima de sobrevivência, vai aprendendo a matar. Com um incrível arsenal de armas, que vai das mais básicas aos fuzis elaborados, o jogador vai poder explorar cada centímetro desse paraíso esquecido, lutando contra animais selvagens, escondendo-se, surpreendendo inimigos, dirigindo barcos e jipes, tudo isso com direito ao uso de drogas ilícitas e personagens memoráveis.