A história de Ilhéus é tão antiga quanto a do Brasil, embora muita gente pense que a trajetória da cidade se restringe ao ciclo do cacau, que impulsionou a autonomia política do Município. Logo após o descobrimento do Brasil, em 1500, o rei de Portugal, Dom João III, resolveu dividir a colônia em Capitanias Hereditárias, com o objetivo de povoá-la mais rapidamente. A Capitania de São Jorge dos Ilhéus, como viria a ser chamada, foi doada ao fidalgo português Jorge de Figueiredo Correia, em 1534, através de Carta Régia registrada em Évora.

Segundo a carta de doação, a Capitania ficava “quase no meio do continente brasileiro”. Com 50 léguas, sentido norte-sul, começava na ilha de Tinharé, vizinha à ilha de Itaparica, até a ilha de Comandatuba, no limite da Capitania de Porto Seguro; no sentido leste-oeste, “entrando na mesma largura pelo sertão e terra firme adentro tanto quanto puderem entrar”, a primeira geografia de Ilhéus incluía a região de Brasília, hoje Capital Federal.

O donatário Jorge Figueiredo Corrêa nunca esteve em suas terras. Mandou em seu lugar o capitão-mor espanhol Francisco Romero para administrar o território e uma das primeiras vilas da história do Brasil. A caravana de Romero, com os primeiros colonos, chegou à Capitania em 1535, atracando inicialmente em Morro de São Paulo, e transferindo-se em seguida para Ilhéus. A cidade foi fundada no Outeiro de São Sebastião, em frente à Baía do Pontal, onde está localizado o marco de fundação.

A vila recebeu o nome de São Jorge dos Ilhéus, em homenagem ao donatário da Capitania, que era católico e devoto de São Jorge, escolhido como santo padroeiro da cidade. Os primeiros anos de colonização foram marcados por intenso conflito com os índios tupiniquins e aimorés. De Portugal, o donatário procurava desenvolver a Capitania doando sesmarias a destacadas figuras do reino, que mandaram instalar engenhos de açúcar a fim de fazer crescer a população e o comércio.

Uma das doações foi feita, em 1537, a Mem de Sá, mais tarde o terceiro Governador Geral do Brasil, que ganhou a sesmaria do Engenho de Santana, às margens do Rio Sant’Ana, hoje distrito de Rio de Engenho, que à época muito prosperou. A Vila de São Jorge chegou a ser a mais próspera e rica de todo o Brasil. Pelo menos, no governo de Tomé de Souza, Ilhéus era considerado o maior centro econômico da colônia Brasil.

Mais tarde, o colonizador Francisco Romero entrou em luta contra os colonos, que se amotinaram, prenderam-no e o deportaram para Portugal. Com a morte do donatário Jorge Figueiredo Correa, em 1551, o filho mais novo, Jerônimo de Alarcão de Figueiredo, conseguiu licença para vender a capitania a Lucas Giraldes, que faleceu em 1565, deixando-a com o filho Francisco Giraldes, que, em 1588, foi nomeado Governador do Brasil, morrendo um ano e meio depois.

A partir daí, a Capitania contraiu muitas dívidas, administrada por Maria Giraldes, filha de Francisco, que a perdeu em 1620. Um período de muitas dificuldades se sucederam, e em 9 de junho de 1754, Ilhéus passou a ser uma capitania oficial, voltando a pertencer à Coroa Portuguesa. Em 1760, criou-se a Comarca de Ilhéus.

A Capitania se desenvolveu através de ciclos econômicos como os de produção de farinha e de cana de açúcar. Tem-se notícia de que a partir do início do século XIX, começou um período de forte imigração de europeus e de sírios e libaneses para Ilhéus. Em 1818, os suíços Pedro Weyll e Saneraker adquiriram terrenos, e quatro anos depois trouxeram cerca de 161 colonos alemães para a região. Em 1870, um núcleo de imigrantes do Norte do Brasil foi fundado à margem do Rio Cachoeira, considerado o embrião da atual cidade de Itabuna.