De acordo com a coordenadora do Museu da Misericórdia, Jane Palma, a exposição da nova ala será dividida em quatro núcleos. O primeiro aborda a arte religiosa; o segundo mostra o processo de educacional das crianças, desde a antiga "Roda do Expostos", de onde crianças rejeitadas eram retiradas e acolhidas em internatos, até o modelo atual dos Centros de Educação Infantil mantidos pela Instituição, a maioria deles no Bairro da Paz.
O terceiro núcleo vai retratar a história da Santa Casa no campo da saúde, abordando inclusive os avanços tecnológicos e profissionais da medicina. O quarto núcleo traz uma releitura das 14 obras da Misericórdia em arte contemporânea, na visão de 14 artistas baianos.
Ponto Turístico
Situado no antigo edifício-sede da Santa Casa da Misericórdia, um palácio do século XVII, entre a Praça da Sé e a Praça Municipal, o Museu da Misericórdia foi inaugurado no dia 28 de janeiro de 2006, agregando valor ao cenário cultural do Centro Histórico de Salvador, um dos principais pontos turísticos da cidade.
O museu exibe obras que vão do século XVII até os dias atuais e dá continuidade ao projeto social de revitalização da região central em torno da Santa Casa de Misericórdia da Bahia, instituição filantrópica mantenedora do museu. A exposição reúne ainda um conjunto de pinturas, esculturas, mobiliário, alfaias, imaginária e o primeiro carro movido a gasolina da Bahia.
Apresenta também espaços rituais, como a Sala do Definitório (Salão Nobre) com seu forro de 15 painéis (óleo sobre madeira, séc. XVIII) e abriga a Igreja da Misericórdia, onde o Padre Antônio Vieira proferiu alguns dos seus memoráveis discursos. Atualmente, o Museu da Misericórdia é o mais visitado da Bahia.